Uredbom o proglašenju Specijalnog rezervata prirode "Rtanj" ("Službeni glasnik RS", br. 18/2019) utvrđeno je da je na području Rtnja identifikovano 11 strogo zaštićenih vrsta od kojih su neke: srpska ramonda (Ramonda serbica), rtanjska metvica (Nepeta rtanjensis), kaćunak (Orchis coriophora), kaćun (Orchis militaris), muški božur (Paeonia mascula), alpska pavit (Clematis alpina), planinska sasa (Pulsatilla montana), kohova lincura (Gentiana acaulis).